Ásidu propióniku (PPA), ajente antifúngiku no aditivu dietétiku komún, hatudu ona katak kauza neurodezenvolvimentu abnormál iha rate sira ne'ebé akompaña ho disfunsaun gastrointestinál, ne'ebé bele kauza hosi disbioze intestinál. Sujere ona ligasaun entre espozisaun PPA iha ai-han no disbioze mikrobiota intestinál, maibé seidauk investiga diretamente. Iha ne'e, ami investiga mudansa sira ne'ebé asosiadu ho PPA iha kompozisaun mikrobiota intestinál ne'ebé bele hamosu disbioze. Mikrobioma intestinál sira hosi rate sira ne'ebé hetan ai-han ne'ebé la hetan tratamentu (n=9) no ai-han ne'ebé riku ho PPA (n=13) hetan sekuensiamentu uza sekuensiamentu metajenómiku ho alkanse naruk hodi avalia diferensa sira iha kompozisaun mikrobiál no dalan metabóliku baktéria nian. PPA dieta nian asosiadu ho aumentu iha abundánsia hosi taxa signifikativu sira, inklui espésie Bacteroides, Prevotella, no Ruminococcus oioin, ne'ebé nia membru sira uluk implika ona iha produsaun PPA. Mikrobioma sira hosi rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA mós iha dalan barak liu ne'ebé relasiona ho metabolismo lípidu no biosinteze hormona esteróide. Ami nia rezultadu sira indika katak PPA bele altera mikrobiota intestinál no nia dalan metabóliku sira ne'ebé asosiadu. Mudansa sira ne'ebé observa destaka katak konservadór sira ne'ebé klasifika hanesan seguru ba konsumu bele influensia kompozisaun mikrobiota intestinál no, iha nia fatin, saúde ema nian. Entre sira, P, G ka S maka hili depende ba nivel klasifikasaun ne'ebé maka analiza hela. Atu minimiza impaktu hosi klasifikasaun pozitivu falsu sira, adota ona limite abundánsia relativu mínimu ida hosi 1e-4 (1/10,000 lee). Molok análize estatístika, abundánsia relativu sira ne'ebé maka relata hosi Bracken (fraction_total_reads) hetan transformasaun uza transformasaun centered log-ratio (CLR) (Aitchison, 1982). Métodu CLR hili ba transformasaun dadus tanba ida-ne'e la varia iha eskala no sufisiente ba konjuntu dadus ne'ebé la'ós esparsu (Gloor et al., 2017). Transformasaun CLR uza logaritmu naturál. Dadus kontajen ne'ebé relata hosi Bracken normaliza uza espresaun log relativu (RLE) (Anders no Huber, 2010). Figura sira maka hamosu uza kombinasaun ida hosi matplotlib v. 3.7.1, seaborn v. 3.7.2 no logaritmu sekuensiál sira (Gloor et al., 2017). 0.12.2 no stantanotations v. 0.5.0 (Hunter, 2007; Waskom, 2021; Charlier et al., 2022). Rasio Bacillus/Bacteroidetes kalkula ba kada amostra uza kontajen baktéria normalizadu. Valór sira ne'ebé maka relata iha tabela sira arredondadu ba fatin desimal 4. Índise diversidade Simpson nian kalkula uza skript alpha_diversity.py ne'ebé fornese iha pakote KrakenTools v. 1.2 (Lu et al., 2022). Relatóriu Bracken fornese iha skript no índise Simpson “Si” fornese ba parámetru -an. Diferensa signifikativa sira iha abundánsia define hanesan diferensa média CLR ≥ 1 ka ≤ -1. Diferensa média CLR ±1 indika aumentu dala 2.7 iha abundánsia hosi tipu amostra ida. Sinál (+/-) indika se taxon ne'e barak liu iha amostra PPA no amostra kontrolu, respetivamente. Signifikasaun determina uza teste Mann-Whitney U (Virtanen et al., 2020). Statsmodels v. 0.14 (Benjamini no Hochberg, 1995; Seabold no Perktold, 2010) uza ona, no prosedimentu Benjamini-Hochberg aplika ona hodi hadi'a ba teste múltiplu sira. Valór-p ajustadu ≤ 0.05 uza hanesan limite hodi determina signifikasaun estatístika.
Mikrobioma ema nian dalabarak refere hanesan "órgaun ikus isin nian" no iha papél importante iha ema nia saúde (Baquero no Nombela, 2012). Liuliu, mikrobioma intestinál rekoñese ba nia influénsia no papél iha sistema tomak iha funsaun esensiál barak. Baktéria komensal barak iha intestinu, okupa fatin ekolojia oioin, uza nutriente sira, no kompete ho patójenu potensiál sira (Jandhyala et al., 2015). Komponente baktéria oioin hosi mikrobiota intestinál iha kapasidade atu produz nutriente esensiál sira hanesan vitamina no promove dijestaun (Rowland et al., 2018). Metabólitu baktéria sira mós hatudu ona atu influensia dezenvolvimentu tesidu nian no hasa'e dalan metabóliku no imunidade nian (Heijtz et al., 2011; Yu et al., 2022). Kompozisaun hosi mikrobioma intestinál ema nian maka oioin tebes no depende ba fatór jenétiku no ambientál sira hanesan dieta, jéneru, ai-moruk sira, no estadu saúde (Kumbhare et al., 2019).
Dieta inan nian maka komponente krítiku ida ba dezenvolvimentu feto no neonatal nian no fonte putativa ida ba kompostu sira ne'ebé bele influensia dezenvolvimentu (Bazer et al., 2004; Innis, 2014). Kompostu ida ne'ebé maka iha interese maka ásidu propióniku (PPA), subprodutu ásidu gordura ho kadeia badak ne'ebé hetan hosi fermentasaun baktéria no aditivu ai-han nian (den Besten et al., 2013). PPA iha propriedade antibakteriál no antifúngiku no tanba ne'e uza hanesan prezervadór ai-han no iha aplikasaun industriál sira hodi inibi mofo no kreximentu baktéria nian (Wemmenhove et al., 2016). PPA iha efeitu oioin iha tesidu oioin. Iha aten, PPA iha efeitu anti-inflamatóriu sira hodi afeta espresaun sitokina iha makrofájiku sira (Kawasoe et al., 2022). Efeitu regulatóriu ida-ne'e mós observa ona iha sélula imunidade sira seluk, ne'ebé hamosu regulasaun tun ba inflamasaun (Haase et al., 2021). Maibé, efeitu kontráriu maka observa ona iha kakutak. Estudu anteriór sira hatudu katak espozisaun PPA induz hahalok hanesan autismo iha rate sira (El-Ansary et al., 2012). Estudu sira seluk hatudu katak PPA bele induz glioze no ativa dalan pro-inflamatóriu sira iha kakutak (Abdelli et al., 2019). Tanba PPA maka ásidu ne'ebé fraku, ida-ne'e bele difuza liuhosi epitéliu intestinál ba iha sirkulasaun raan no nune'e atravesa barreira restritiva sira inklui barreira raan-kakutak no mós plasenta (Stinson et al., 2019), ne'ebé destaka importánsia PPA nian hanesan metabólitu reguladór ne'ebé produz hosi baktéria. Maske papél potensiál PPA nian hanesan fatór risku ba autismo agora daudaun iha hela investigasaun nia laran, ninia efeitu sira ba indivíduu sira ho autismo bele habelar liu indusaun diferensiasaun neurál.
Sintoma gastrointestinál sira hanesan diarea no konstipasaun maka komún iha pasiente sira ho moras neurodezenvolvimentu (Cao et al., 2021). Estudu anteriór sira hatudu katak mikrobioma hosi pasiente sira ho moras espektru autista (TEA) diferente hosi indivíduu saudavel sira, sujere prezensa hosi disbioze mikrobiota intestinál (Finegold et al., 2010). Nune'e mós, karakterístika mikrobioma sira hosi pasiente sira ho moras inflamatóriu intestinál, obesidade, moras Alzheimer, nst. mós diferente hosi sira hosi indivíduu saudavel sira (Turnbaugh et al., 2009; Vogt et al., 2017; Henke et al., 2019). Maibé, to'o ohin loron, laiha relasaun kauza ne'ebé estabelese entre mikrobioma intestinál no moras ka sintoma neurolójiku sira (Yap et al., 2021), maski espésie baktéria oioin hanoin katak iha papél iha estadu moras sira-ne'e balun. Porezemplu, Akkermansia, Bacteroides, Clostridium, Lactobacillus, Desulfovibrio no jéneru sira seluk maka barak liu iha mikrobiota pasiente sira ho autismo (Tomova et al., 2015; Golubeva et al., 2017; Cristiano et al., 2018; Zurita et al., 2020). Notavelmente, espésie membru sira hosi jéneru sira-ne'e balun koñesidu atu iha jéniku sira ne'ebé asosiadu ho produsaun PPA (Reichardt et al., 2014; Yun no Lee, 2016; Zhang et al., 2019; Baur no Dürre, 2023). Haree ba propriedade antimikrobiál sira husi PPA, aumenta nia abundánsia bele sai benefisiál ba kreximentu husi baktéria produtór PPA (Jacobson et al., 2018). Nune'e, ambiente ida ne'ebé riku ho PFA bele hamosu mudansa sira iha mikrobiota intestinál, inklui patójenu gastrointestinál sira, ne'ebé bele sai hanesan fatór potensiál sira ne'ebé hamosu sintoma gastrointestinál sira.
Pergunta sentrál ida iha peskiza mikrobioma maka se diferensa sira iha kompozisaun mikrobiál maka kauza ka sintoma ida ba moras subjasente sira. Etapa dahuluk atu esklarese relasaun kompleksu entre dieta, mikrobioma intestinál, no moras neurolójiku sira maka atu avalia efeitu sira dieta nian iha kompozisaun mikrobiál. Ba ida-ne'e, ami uza sekuensiamentu metajenómiku ho leitura naruk hodi kompara mikrobioma intestinál sira hosi oan sira hosi rate sira ne'ebé hetan ai-han ne'ebé riku ho PPA ka laiha PPA. Oan sira hetan ai-han hanesan ho sira nia inan. Ami halo hipoteze katak dieta ida ne'ebé riku ho PPA sei rezulta iha mudansa sira iha kompozisaun mikrobiál intestinál no dalan funsionál mikrobiál sira, partikularmente sira ne'ebé relasiona ho metabolismo PPA no/ka produsaun PPA.
Estudu ida-ne'e uza rate transjéniku FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J (Jackson Laboratories) ne'ebé espresa liu proteína fluoresente verde (GFP) iha kontrolu hosi promotór GFAP espesífiku glia nian tuir matadalan sira hosi Komité Kuidadu no Uzu Animál Institusionál Universidade Sentrál Florida nian (UCIA-CU) Númeru Lisensa: PROTO202000002). Hafoin desmama, rate sira tau ida-idak iha gaiola ho rate 1-5 hosi kada seksu kada gaiola. Rate sira hetan ai-han ad libitum ho dieta kontrolu ne'ebé purifikadu (dieta padraun nakloke modifikadu, 16 kcal% bokur) ka dieta suplementadu ho propionatu sódiu (dieta padraun nakloke modifikadu, 16 kcal% bokur, ne'ebé kontein 5,000 ppm propionatu sódiu). Kuantidade propionatu sódiu ne'ebé uza hanesan ho 5,000 mg PFA/kg pezu ai-han totál. Ida-ne'e maka konsentrasaun aas liu hosi PPA ne'ebé aprova ona atu uza hanesan konservadór ai-han nian. Atu prepara ba estudu ida-ne'e, rate inan sira hetan ai-han ho dieta rua ne'e durante semana 4 molok kaben no kontinua durante isin-rua nia laran. Rate oan sira [rate 22, kontrolu 9 (mane 6, feto 3) no PPA 13 (mane 4, feto 9)] hetan desmama no depois kontinua ho dieta hanesan ho barrajen sira durante fulan 5. Rate nia oan sira hetan sakrifísiu iha fulan 5 no sira nia konteúdu fekál intestinál sira halibur no inisialmente rai iha tubu mikrosentrifuga 1.5 ml iha -20°C no hafoin transfere ba konjelador -80°C to'o DNA uma-na'in nian hotu no hasai ásidu nukleiku mikrobiál sira.
DNA uma-na'in nian hasai tuir protokolu ne'ebé modifikadu (Charalampous et al., 2019). Ho badak, konteúdu fekál sira transfere ba 500 μl InhibitEX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) no rai iha jelu. Prosesa másimu pelet fekál 1-2 kada estrasaun. Konteúdu fekál sira hafoin ne'e halo omojeneizasaun mekanikamente uza plástiku ida iha tubu laran hodi forma slurry ida. Sentrifuga amostra sira iha 10,000 RCF durante minutu 5 ka to'o amostra sira sai pelet, hafoin aspira supernatante no suspende fali pelet iha 250 μl 1× PBS. Hatama 250 μl solusaun saponina 4.4% (TCI, númeru produtu S0019) ba amostra hanesan deterjente ida hodi halo loos membrana sélula eukariótika sira. Amostra sira kahur ho jentil to'o sai mos no inkuba iha temperatura ambiente durante minutu 10. Tuir mai, atu perturba sélula eukariótika sira, aumenta bee livre hosi nuklease 350 μl ba amostra, inkuba durante 30 s, no hafoin aumenta 12 μl 5 M NaCl. Hafoin ne'e, amostra sira hetan sentrifugasaun iha 6000 RCF durante minutu 5 nia laran. Aspira supernatante no suspende fali pelet iha 100 μl 1X PBS. Atu hasai DNA uma-na'in nian, aumenta 100 μl tampón HL-SAN (12.8568 g NaCl, 4 ml 1M MgCl2, 36 ml bee lahó nuklease) no 10 μl enzima HL-SAN (ArticZymes P/N 70910-202). Amostra sira kahur ho didi'ak liuhosi pipeta no inkuba iha 37 °C durante minutu 30 iha 800 rpm iha EppendorfTM ThermoMixer C. Hafoin inkubasaun, sentrifuga iha 6000 RCF durante minutu 3 no fase dala rua ho 800 μl no 1000 μl X1 PBS. Ikus liu, suspende fali pelet iha 100 μl 1X PBS.
Totál DNA baktéria nian hetan izolamentu uza New England Biolabs Monarch Genomic DNA Purification Kit (New England Biolabs, Ipswich, MA, Cat# T3010L). Prosedimentu operasaun padraun ne'ebé fornese ho kit ne'e modifika uitoan. Inkuba no mantein bee livre hosi nuklease iha 60°C molok operasaun ba eluisaun finál. Hatama 10 μl Proteinase K no 3 μl RNase A ba kada amostra. Hafoin aumenta 100 μl Cell Lysis Buffer no kahur ho jentil. Hafoin ne'e, amostra sira inkuba iha EppendorfTM ThermoMixer C iha 56°C no 1400 rpm durante pelumenus oras 1 no to'o oras 3. Amostra sira ne'ebé inkubadu hetan sentrifugasaun iha 12,000 RCF durante minutu 3 no supernatante husi amostra ida-idak transfere ba tubu mikrosentrifugasaun 1.5 mL ketak ne'ebé kontein 400 μL husi solusaun ligasaun. Hafoin ne'e, tubu sira hetan vortex ho pulsa durante segundu 5-10 iha intervalu segundu 1. Transfere konteúdu líkidu tomak hosi amostra ida-idak (maizumenus 600-700 μL) ba kartucho filtru ne'ebé tau iha tubu kolesaun fluxu-liu. Tubu sira hetan sentrifugasaun iha 1,000 RCF durante minutu 3 hodi permite ligasaun DNA inisiál no hafoin ne'e halo sentrifugasaun iha 12,000 RCF durante minutu 1 hodi hasai líkidu residuál. Koluna amostra nian transfere ba tubu kolesaun foun no hafoin fase dala rua. Ba fase dahuluk, aumenta 500 μL husi tampón fase nian ba kada tubu. Inverte tubu dala 3-5 no hafoin sentrifuga iha 12,000 RCF durante minutu 1. Soe líkidu hosi tubu kolesaun nian no tau fali kartucho filtru nian iha tubu kolesaun nian ne'ebé hanesan. Ba fase daruak, aumenta 500 μL husi tampón fase nian ba filtru lahó inverte. Amostra sira hetan sentrifugasaun iha 12,000 RCF durante minutu 1. Transfere filtru ba tubu LoBind® 1.5 mL no aumenta bee ne'ebé laiha nuklease ne'ebé manas ona 100 μL. Filtru sira inkuba iha temperatura ambiente durante minutu 1 no hafoin sentrifuga iha 12,000 RCF durante minutu 1. DNA ne'ebé elui ona rai iha -80°C.
Konsentrasaun DNA nian kuantifika uza Fluorómetru QubitTM 4.0. DNA prepara uza QubitTM 1X dsDNA High Sensitivity Kit (Cat. No. Q33231) tuir instrusaun sira fabrikante nian. Distribuisaun komprimentu fragmentu DNA nian sukat uza AglientTM 4150 ka 4200 TapeStation. DNA prepara uza AgilentTM Genomic DNA Reagents (Cat. No. 5067-5366) no Genomic DNA ScreenTape (Cat. No. 5067-5365). Preparasaun biblioteka nian hala'o uza Oxford Nanopore TechnologiesTM (ONT) Rapid PCR Barcoding Kit (SQK-RPB004) tuir instrusaun sira fabrikante nian. DNA hetan sekuénsia uza sekuensiadór ONT GridIONTM Mk1 ho sélula fluxu Min106D (R 9.4.1). Konfigurasaun sekuensiamentu nian maka: xamada baze ho ezatidaun aas, valór q mínimu 9, konfigurasaun kódigu barra, no trim kódigu barra. Amostra sira hetan sekuénsia durante oras 72, hafoin ne'e dadus xamada baze nian submete ba prosesamentu no análize tuirmai.
Prosesamentu bioinformátika hala'o uza métodu sira ne'ebé deskreve ona antes (Greenman et al., 2024). Arkivu FASTQ ne'ebé hetan hosi sekuensiamentu fahe ba diretóriu sira ba amostra ida-idak. Molok análize bioinformátika, dadus sira prosesa uza pipeline tuirmai: dahuluk, arkivu FASTQ sira hosi amostra sira tau hamutuk iha arkivu FASTQ ida de'it. Hafoin, leitura sira ne'ebé badak liu 1000 bp hetan filtrajen uza Filtlong v. 0.2.1, ho parámetru úniku ne'ebé muda maka –min_length 1000 (Wick, 2024). Molok halo filtrajen liután, kualidade lee nian kontrola uza NanoPlot v. 1.41.3 ho parámetru sira tuirmai: –fastq –plots dot –N50 -o
Ba klasifikasaun taxonómika, leitura sira no kontigu sira ne'ebé monta ona klasifika uza Kraken2 v. 2.1.2 ( Wood et al., 2019 ). Jera relatóriu sira no arkivu sira saída nian ba leitura sira no asembleia sira, respetivamente. Uza opsaun –use-names hodi analiza leitura sira no asembleia sira. Opsaun –gzip-compressed no –paired espesifika ba segmentu lee nian. Abundánsia relativu hosi taxa iha metajenoma sira hetan estimasaun uza Bracken v. 2.8 ( Lu et al., 2017 ). Ami kria uluk baze-dadus kmer ida ne'ebé kontein baze 1000 uza bracken-build ho parámetru sira tuirmai: -d
Anotasaun jéniku no estimasaun abundánsia relativu hala'o uza versaun modifikadu ida hosi protokolu ne'ebé deskreve hosi Maranga et al. (Maranga et al., 2023). Primeiru, kontig sira ne'ebé badak liu 500 bp hasai tiha hosi asembleia hotu-hotu uza SeqKit v. 2.5.1 (Shen et al., 2016). Asembleia sira ne'ebé maka hili ona kombina ba iha pan-metajenoma ida. Open reading frames (ORFs) identifika uza Prodigal v. 1.0.1 (versaun paralelu ida husi Prodigal v. 2.6.3) ho parámetru sira tuirmai: -d
Jéniku sira uluknanain agrupa tuir identifikadór ortólogo (KO) Ensiklopédia Kyoto nian kona-ba Jéniku no Jenom sira (KEGG) ne'ebé atribui hosi eggNOG hodi kompara abundánsia sira hosi dalan jéniku nian. Jene sira ne'ebé laiha knockout ka jéniku sira ho knockout múltiplu hasai tiha antes halo análize. Abundánsia média husi kada KO kada amostra hafoin ne'e kalkula no hala'o análize estatístika. Jéniku sira metabolismo PPA nian define hanesan kualkér jéniku ne'ebé maka hetan atribuisaun ba liña ko00640 iha koluna KEGG_Pathway, ne'ebé indika papél ida iha metabolismo propionatu tuir KEGG. Jene sira ne'ebé identifika hanesan asosiadu ho produsaun PPA lista iha Tabela Suplementár 1 (Reichardt et al., 2014; Yang et al., 2017). Teste permutasaun sira hala'o atu identifika metabolismo PPA no jéniku produsaun sira ne'ebé maka barak liu iha tipu amostra ida-idak. Permutasaun rihun ida maka hala'o ba kada jéniku ne'ebé maka analiza. Valór-p ida ho 0.05 uza hanesan limite ida hodi determina signifikasaun estatístika. Anotasaun funsionál sira atribui ba jéniku individuál sira iha agrupamentu ida nia laran bazeia ba anotasaun sira hosi jéniku reprezentativu sira iha agrupamentu laran. Taxa ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA no/ka produsaun PPA bele identifika liuhosi korrespondénsia ID contig iha arkivu saída Kraken2 ho ID contig hanesan ne'ebé mantein durante anotasaun funsionál uza eggNOG. Teste signifikasaun nian hala'o uza teste Mann-Whitney U ne'ebé deskreve ona antes. Korresaun ba teste múltiplu hala'o uza prosedimentu Benjamini-Hochberg. Valór-p ida ho ≤ 0.05 uza hanesan limite ida hodi determina signifikasaun estatístika.
Diversidade husi mikrobioma intestinál husi rate sira hetan avaliasaun uza índise diversidade Simpson. Laiha diferensa signifikativa ne'ebé maka observa entre amostra kontrolu no PPA iha termu jéneru no diversidade espésie (valór-p ba jéneru: 0.18, valór-p ba espésie: 0.16) (Figura 1). Hafoin ne'e kompara kompozisaun mikrobiál uza análize komponente prinsipál (PCA). Figura 2 hatudu agrupamentu amostra sira tuir sira nia phyla, ne'ebé indika katak iha diferensa sira iha kompozisaun espésie mikrobioma sira entre amostra PPA no kontrolu. Agrupamentu ida-ne'e ladún pronunsia iha nivel jéneru, sujere katak PPA afeta baktéria balu (Fig. Suplementár 1).
Figura 1. Diversidade alfa hosi jéneru no kompozisaun espésie hosi mikrobioma intestinál rate nian. Gráfiku kaixa sira ne'ebé hatudu índise diversidade Simpson nian hosi jéneru (A) no espésie (B) iha amostra PPA no kontrolu. Signifikasaun determina uza teste Mann-Whitney U, no koresaun múltiplu hala'o uza prosedimentu Benjamini-Hochberg. ns, valór-p la signifikativu (p>0.05).
Figura 2. Rezultadu sira hosi análize komponente prinsipál hosi kompozisaun mikrobioma intestinál rate nian iha nivel espésie nian. Gráfiku análize komponente prinsipál hatudu distribuisaun amostra sira-nian iha sira-nia komponente prinsipál rua dahuluk. Kór sira indika tipu amostra: rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA maka kór-roxu no rate kontrolu sira maka kór-mean. Komponente prinsipál 1 no 2 trasa iha eixu-x no eixu-y, respetivamente, no espresa hanesan sira nia rasio variánsia ne'ebé esplika.
Uza dadus kontajen transformadu RLE, diminuisaun signifikativa iha rasio medianu Bacteroidetes/Bacilli hetan observasaun iha rate kontrolu no PPA (kontrolu: 9.66, PPA: 3.02; p-value = 0.0011). Diferensa ida-ne'e tanba abundánsia aas liu hosi Bacteroidetes iha rate PPA kompara ho kontrolu sira, maski diferensa ne'e la signifikativu (kontrolu médiu CLR: 5.51, PPA médiu CLR: 6.62; p-value = 0.054), enkuantu abundánsia Bacteroidetes hanesan (kontrolu médiu CLR: 7.76, PLR-value: 0.66; = 0.18).
Análize ba abundánsia hosi membru taxonómiku sira hosi mikrobioma intestinál nian hatudu katak filu 1 no espésie 77 iha diferensa signifikativa entre amostra PPA no kontrolu (Tabela Suplementár 2). Abundánsia husi espésie 59 iha amostra PPA maka aas liu duké iha amostra kontrolu, enkuantu abundánsia husi espésie 16 de'it iha amostra kontrolu aas liu duké iha amostra PPA (Figura 3).
Figura 3. Abundánsia diferensiál husi taxa iha mikrobioma intestinál husi PPA no rate kontrolu. Gráfiku vulkaun nian hatudu diferensa sira iha abundánsia jéneru (A) ka espésie (B) entre amostra PPA no kontrolu. Pontu kinur sira indika katak laiha diferensa signifikativa iha abundánsia taxa nian. Pontu sira ho kór indika diferensa signifikativa sira iha abundánsia (valór-p ≤ 0.05). Taxa 20 ne'ebé aas liu ho diferensa boot liu iha abundánsia entre tipu amostra sira hatudu iha kór mean no azul-klosan (amostra kontrolu no PPA), respetivamente. Pontu mean no kór-roxu sira pelumenus dala 2.7 barak liu iha amostra kontrolu ka PPA duké iha kontrolu sira. Pontu metan sira reprezenta taxa ho abundánsia ne'ebé signifikativamente diferente, ho diferensa média CLR entre -1 no 1. Valór P sira kalkula uza teste Mann-Whitney U no korrije ba teste múltiplu uza prosedimentu Benjamini-Hochberg. Diferensa CLR média ne'ebé metan indika diferensa signifikativa iha abundánsia.
Hafoin analiza kompozisaun mikrobiál intestinál, ami hala'o anotasaun funsionál ida ba mikrobioma. Hafoin filtra tiha jéniku sira ho kualidade ki'ik, totál jéniku úniku hamutuk 378,355 maka identifika ona iha amostra hotu-hotu. Abundánsia transformadu hosi jéniku sira-ne'e uza ba análize komponente prinsipál (PCA), no rezultadu sira hatudu grau aas hosi agrupamentu hosi tipu amostra sira bazeia ba sira-nia perfíl funsionál (Figura 4).
Figura 4. Rezultadu sira PCA nian uza perfil funsionál hosi mikrobioma intestinál rate nian. Plot PCA hatudu distribuisaun amostra sira nian iha sira nia komponente prinsipál rua dahuluk. Kór sira indika tipu amostra: rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA maka kór-roxu no rate kontrolu sira maka kór-mean. Komponente prinsipál 1 no 2 trasa iha eixu-x no eixu-y, respetivamente, no espresa hanesan sira nia rasio variánsia ne'ebé esplika.
Tuir mai ami ezamina abundánsia husi KEGG knockouts iha tipu amostra oioin. Totál knockout úniku hamutuk 3648 maka identifika ona, ne'ebé 196 maka barak liu iha amostra kontrolu no 106 maka barak liu iha amostra PPA (Figura 5). Totál jéniku 145 maka hetan iha amostra kontrolu no jéniku 61 iha amostra PPA, ho abundánsia ne'ebé diferente tebes. Dalan sira ne'ebé relasiona ho metabolismo lípidu no amino-asukar nian sai riku liu ho signifikativu iha amostra PPA sira (Tabela Suplementár 3). Dalan sira ne'ebé relasiona ho metabolismo nitrojéniu no sistema sira relay enxofre nian sai riku liu ho signifikativu iha amostra kontrolu sira (Tabela Suplementár 3). Abundánsia jéniku sira ne'ebé relasiona ho metabolismo aminosugar/nucleotide (ko:K21279) no metabolismo inositol phosphate (ko:K07291) aas liu iha amostra PPA (Figura 5). Amostra kontrolu sira iha signifikativamente jéniku barak liu ne'ebé relasiona ho metabolismo benzoatu (ko:K22270), metabolismo nitrojéniu (ko:K00368), no glikólize/glukoneojénese (ko:K00131) ( Figura 5 ).
Fig. 5. Abundánsia diferensiál husi KO sira iha mikrobioma intestinál husi PPA no rate kontrolu. Gráfiku vulkaun nian hatudu diferensa sira iha abundánsia grupu funsionál sira (KOs). Pontu kinur sira indika KO sira ne'ebé nia abundánsia la signifikativamente diferente entre tipu amostra sira (valór-p > 0.05). Pontu sira ho kór indika diferensa signifikativa sira iha abundánsia (valór-p ≤ 0.05). KO 20 ho diferensa boot liu iha abundánsia entre tipu amostra sira hatudu iha kór mean no azul-kro'at, ne'ebé koresponde ba amostra kontrolu no PPA, respetivamente. Pontu mean no kór-roxu indika KO sira ne'ebé maka pelumenus dala 2.7 barak liu iha amostra kontrolu no PPA, respetivamente. Pontu metan sira indika KO sira ho abundánsia ne'ebé signifikativamente diferente, ho diferensa média CLR entre -1 no 1. Valór P sira kalkula uza teste Mann-Whitney U no ajusta ba komparasaun múltiplu uza prosedimentu Benjamini-Hochberg. NaN indika katak KO la pertense ba dalan ida iha KEGG. Valór diferensa CLR média ne'ebé metan hatudu diferensa signifikativa iha abundánsia. Ba informasaun detallu kona-ba dalan sira ne'ebé maka KO sira ne'ebé maka lista ona pertense ba, haree Tabela Suplementár 3.
Entre jéniku sira ne'ebé anota ona, jéniku 1601 iha abundánsia ne'ebé signifikativamente diferente entre tipu amostra sira (p ≤ 0.05), ho jéniku ida-idak ne'ebé pelumenus abundante liu dala 2.7. Husi jéniku sira-ne'e, jéniku 4 maka barak liu iha amostra kontrolu sira no jéniku 1597 maka barak liu iha amostra PPA. Tanba PPA iha propriedade antimikrobiál, ami ezamina abundánsia sira hosi metabolismo PPA no jéniku produsaun entre tipu amostra sira. Entre jéniku 1332 ne'ebé relasiona ho metabolismo PPA, jéniku 27 maka barak liu iha amostra kontrolu no jéniku 12 maka barak liu iha amostra PPA. Entre jéniku 223 ne'ebé relasiona ho produsaun PPA, jéniku 1 maka barak liu iha amostra PPA. Figura 6A hatudu liután abundánsia aas liu hosi jéniku sira ne'ebé envolve iha metabolismo PPA, ho abundánsia signifikativamente aas liu iha amostra kontrolu no medida efeitu ne'ebé boot, enkuantu Figura 6B destaka jéniku individuál sira ho abundánsia signifikativamente aas liu ne'ebé observa iha amostra PPA.
Fig. 6. Abundánsia diferensiál hosi jéniku sira ne'ebé relasiona ho PPA iha mikrobioma intestinál rate nian. Gráfiku vulkaun nian hatudu diferensa sira iha abundánsia jéniku sira ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA (A) no produsaun PPA (B). Pontu kinur sira indika jéniku sira ne'ebé nia abundánsia la signifikativamente diferente entre tipu amostra sira (valór-p > 0.05). Pontu sira ho kór indika diferensa signifikativa sira iha abundánsia (valór-p ≤ 0.05). Jene 20 ho diferensa boot liu iha abundánsia hatudu iha kór mean no azul-klosan (amostra kontrolu no PPA), respetivamente. Abundánsia pontu mean no kór-roxu nian pelumenus dala 2.7 boot liu iha amostra kontrolu no PPA duké iha amostra kontrolu. Pontu metan sira reprezenta jéniku sira ho abundánsia ne'ebé signifikativamente diferente, ho diferensa média CLR entre -1 no 1. Valór P sira kalkula uza teste Mann-Whitney U no korrije ba komparasaun múltiplu uza prosedimentu Benjamini-Hochberg. Jéniku sira koresponde ba jéniku reprezentativu sira iha katálgu jéniku la-redundante. Naran sira jéniku nian kompostu hosi símbolu KEGG ne'ebé hatudu jéniku KO. Diferensa CLR média ne'ebé metan indika abundánsia sira ne'ebé signifikativamente diferente. Trasu (-) indika katak laiha símbolu ba jéniku iha baze-dadus KEGG.
Taxa ho jéniku sira ne'ebé relasiona ho metabolismo no/ka produsaun PPA nian identifika liuhosi halo korrespondénsia ba identidade taxonómika hosi kontigu sira ho ID kontigu hosi jéniku. Iha nivel jéneru, jéneru 130 hetan katak iha jéniku sira ne'ebé relasiona ho metabolismo PPA no jéneru 61 hetan katak iha jéniku sira ne'ebé relasiona ho produsaun PPA (Tabela Suplementár 4). Maibé, laiha jéneru ida maka hatudu diferensa signifikativa iha abundánsia (p > 0.05).
Iha nivel espésie, espésie baktéria 144 hetan katak iha jéniku sira ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA no espésie baktéria 68 hetan katak iha jéniku sira ne'ebé asosiadu ho produsaun PPA (Tabela Suplementár 5). Entre metabolizadór PPA, baktéria ualu hatudu aumentu signifikativu iha abundánsia entre tipu amostra sira, no hotu-hotu hatudu mudansa signifikativu iha efeitu (Tabela Suplementár 6). Metabolizadór PPA hotu-hotu ne'ebé identifika ho diferensa signifikativa iha abundánsia maka barak liu iha amostra PPA. Klasifikasaun iha nivel espésie nian hatudu reprezentante sira hosi jéneru sira ne'ebé ladiferensa signifikativamente entre tipu amostra sira, inklui espésie Bacteroides no Ruminococcus oioin, no mós Duncania dubois, Myxobacterium enterica, Monococcus pectinolyticus, no Alcaligenes polymorpha. Entre baktéria sira ne'ebé produz PPA, baktéria haat hatudu diferensa signifikativa iha abundánsia entre tipu amostra sira. Espésie sira ho diferensa signifikativa iha abundánsia inklui Bacteroides novorossi, Duncania dubois, Myxobacterium enteritidis, no Ruminococcus bovis.
Iha estudu ida-ne'e, ami ezamina efeitu sira hosi espozisaun PPA nian iha mikrobiota intestinál hosi rate sira. PPA bele hamosu resposta oioin iha baktéria tanba ida-ne'e produz hosi espésie balu, uza hanesan fonte ai-han hosi espésie sira seluk, ka iha efeitu antimikrobiál. Tanba ne'e, nia adisaun ba ambiente intestinál liuhosi suplementasaun ai-han nian bele iha efeitu oioin depende ba toleránsia, susceptibilidade, no abilidade atu utiliza ida-ne'e hanesan fonte nutriente. Espésie baktéria sensivel sira bele halakon no troka ho sira ne'ebé maka rezistente liu ba PPA ka bele uza hanesan fonte ai-han, hodi hamosu mudansa sira iha kompozisaun mikrobiota intestinál. Ami nia rezultadu sira hatudu diferensa signifikativa sira iha kompozisaun mikrobiál maibé laiha efeitu ba diversidade mikrobiál jerál. Efeitu boot liu maka observa iha nivel espésie nian, ho liu 70 taxa ne'ebé signifikativamente diferente iha abundánsia entre amostra PPA no kontrolu (Tabela Suplementár 2). Avaliasaun liután ba kompozisaun hosi amostra sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA hatudu heterojeneidade boot liu hosi espésie mikrobiál sira kompara ho amostra sira ne'ebé la hetan espozisaun, sujere katak PPA bele hasa'e karakterístika kreximentu baktéria nian no limita populasaun baktéria nian ne'ebé bele moris iha ambiente sira ne'ebé riku ho PPA. Nune'e, PPA bele seletivamente induz mudansa sira envezde kauza disrupsaun luan ba diversidade mikrobiota intestinál.
Konservadór ai-han sira hanesan PPA hatudu ona uluk katak bele altera abundánsia komponente sira mikrobioma intestinál nian lahó afeta diversidade jerál (Nagpal et al., 2021). Iha ne'e, ami observa diferensa sira ne'ebé maka'as liu entre espésie Bacteroidetes iha filu Bacteroidetes (uluk koñesidu hanesan Bacteroidetes), ne'ebé maka enrikese ho signifikativu iha rate sira ne'ebé maka hetan espozisaun ba PPA. Aumentu abundánsia husi espésie Bacteroides asosiadu ho aumentu degradasaun mucus, ne'ebé bele aumenta risku infesaun no promove inflamasaun (Cornick et al., 2015; Desai et al., 2016; Penzol et al., 2019). Estudu ida hetan katak rate mane neonatál sira ne'ebé trata ho Bacteroides fragilis hatudu hahalok sosiál sira ne'ebé hanesan ho moras espektru autista (ASD) (Carmel et al., 2023), no estudu sira seluk hatudu katak espésie Bacteroides bele altera atividade imunidade no hamosu kardiopatia inflamatória autoimune (Carmel et al., Ruz et al. 2019). Espésie sira ne'ebé pertense ba jéneru Ruminococcus, Prevotella, no Parabacteroides mós aumenta signifikativamente iha rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA (Coretti et al., 2018). Espésie Ruminococcus balun asosiadu ho moras sira hanesan moras Crohn liuhosi produsaun sitokina proinflamatóriu sira (Henke et al., 2019), enkuantu espésie Prevotella hanesan Prevotella humani asosiadu ho moras metabóliku sira hanesan hipertensaun no sensibilidade ba insulina (Pedersen et al., 2016; Li et al., 2017). Ikus liu, ami hetan katak rasio Bacteroidetes (uluk koñesidu hanesan Firmicutes) ba Bacteroidetes signifikativamente ki'ik liu iha rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA duké iha rate kontrolu tanba abundánsia totál aas liu hosi espésie Bacteroidetes. Rasio ida-ne'e uluk hatudu ona hanesan indikadór importante ida ba omeostaze intestinál, no perturbasaun sira iha rasio ida-ne'e asosiadu ho estadu moras oioin (Turpin et al., 2016; Takezawa et al., 2021; An et al., 2023), inklui moras inflamatóriu intestinál sira (Stojanov et al., 2020). Koletivamente, espésie sira hosi filu Bacteroidetes parese afetadu maka'as liu hosi PPA dietétiku ne'ebé aas. Ida-ne'e bele tanba toleránsia aas liu ba PPA ka abilidade atu utiliza PPA hanesan fonte enerjia, ne'ebé hatudu ona katak loos ba pelumenus espésie ida, Hoylesella enocea (Hitch et al., 2022). Alternativamente, espozisaun PPA inan nian bele hasa'e dezenvolvimentu feto nian hodi halo intestinu hosi rate nia oan sira sai suspetivel liu ba kolonizasaun Bacteroidetes; maibé, ami nia dezeñu estudu nian la permite avaliasaun hanesan ne'e.
Avaliasaun konteúdu metajenómiku hatudu diferensa signifikativa iha abundánsia jéniku sira ne'ebé asosiadu ho metabolismo no produsaun PPA, ho rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA hatudu abundánsia aas liu hosi jéniku sira ne'ebé responsavel ba produsaun PPA, enkuantu rate sira ne'ebé la hetan espozisaun ba PPA hatudu abundánsia aas liu hosi jéniku sira ne'ebé responsavel ba metabolismo PAA (Figura 6). Rezultadu sira-ne'e sujere katak efeitu husi PPA iha kompozisaun mikrobiál bele la'ós de'it tanba ninia utilizasaun, se lae abundánsia husi jéniku sira ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA tenke hatudu abundánsia aas liu iha mikrobioma intestinál husi rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA. Esplikasaun ida maka PPA media abundánsia baktéria nian liuliu liuhosi nia efeitu antimikrobiál sira envezde liuhosi nia utilizasaun hosi baktéria hanesan nutriente. Estudu anteriór sira hatudu katak PPA inibi kreximentu Salmonella Typhimurium nian iha maneira ida ne'ebé dependente ba doze (Jacobson et al., 2018). Espozisaun ba konsentrasaun aas liu PPA nian bele hili ba baktéria sira ne'ebé maka rezistente ba nia propriedade antimikrobiál sira no bele la nesesariamente bele metaboliza ka produz ida-ne'e. Porezemplu, espésie Parabacteroides oioin hatudu abundánsia ne'ebé aas liu iha amostra PPA, maibé laiha jéniku sira ne'ebé relasiona ho metabolismo ka produsaun PPA ne'ebé detekta (Tabela Suplementár 2, 4, no 5). Aleinde ne'e, produsaun PPA hanesan subprodutu fermentasaun nian maka distribui barak entre baktéria oioin (Gonzalez-Garcia et al., 2017). Diversidade baktéria ne'ebé aas liu bele sai razaun ba abundánsia aas liu hosi jéniku sira ne'ebé relasiona ho metabolismo PPA iha amostra kontrolu sira (Averina et al., 2020). Aleinde ne'e, iha de'it 27 (2.14%) hosi 1332 jéniku sira ne'ebé maka prevee atu sai jéniku sira ne'ebé asosiadu eskluzivamente ho metabolismo PPA. Jene barak ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA nian mós envolve iha dalan metabóliku sira seluk. Ida-ne'e hatudu liután katak abundánsia jéniku sira ne'ebé envolve iha metabolismo PPA aas liu iha amostra kontrolu sira; jéniku sira-ne'e bele funsiona iha dalan sira ne'ebé la rezulta iha utilizasaun ka formasaun PPA nian hanesan produtu sekundáriu. Iha kazu ida-ne'e, jéniku ida de'it ne'ebé asosiadu ho jerasaun PPA hatudu diferensa signifikativa iha abundánsia entre tipu amostra sira. Iha kontraste ho jéniku sira ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA, jéniku markadór sira ba produsaun PPA maka hili tanba sira envolve diretamente iha dalan baktéria nian ba produsaun PPA. Iha rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA, hetan katak espésie hotu-hotu iha aumentu signifikativu iha abundánsia no kapasidade atu produz PPA. Ida-ne'e suporta predisaun katak PPA sira sei hili produtór PPA sira no tanba ne'e prevee katak kapasidade produsaun PPA sei aumenta. Maibé, abundánsia jéniku la nesesariamente iha korelasaun ho espresaun jéniku; nune'e, maski abundánsia jéniku sira ne'ebé asosiadu ho metabolismo PPA aas liu iha amostra kontrolu sira, taxa espresaun bele diferente (Shi et al., 2014). Atu konfirma relasaun entre prevalénsia jéniku sira ne'ebé produz PPA no produsaun PPA, presiza estudu sira kona-ba espresaun jéniku sira ne'ebé envolve iha produsaun PPA.
Anotasaun funsionál husi PPA no metajenoma kontrolu nian hatudu diferensa balu. Análize PCA ba konteúdu jéniku hatudu agrupamentu diskreta entre PPA no amostra kontrolu (Figura 5). Agrupamentu iha amostra laran hatudu katak konteúdu jéniku kontrolu nian oioin liu, enkuantu amostra PPA sira agrupa hamutuk. Agrupamentu tuir konteúdu jéniku nian komparavel ho agrupamentu tuir kompozisaun espésie nian. Nune'e, diferensa sira iha abundánsia dalan nian konsistente ho mudansa sira iha abundánsia espésie no estirpe espesífiku sira iha sira nia laran. Iha amostra PPA, dalan rua ho abundánsia ne'ebé aas liu iha relasaun ho metabolismo aminosugar/nucleotide sugar (ko:K21279) no dalan metabolismo lipídiku múltiplu (ko:K00647, ko:K03801; Tabela Suplementár 3). Jene sira ne'ebé asosiadu ho ko:K21279 koñesidu atu asosiadu ho jéneru Bacteroides, ida hosi jéneru sira ho númeru espésie ne'ebé aas liu iha amostra PPA sira. Enzima ida-ne'e bele evita resposta imunidade nian hodi espresa polisakarida kapsulár sira (Wang et al., 2008). Ida-ne'e bele esplika aumentu iha Bacteroidetes ne'ebé observa iha rate sira ne'ebé hetan espozisaun ba PPA. Ida-ne'e komplementa aumentu sínteze ásidu gordura nian ne'ebé observa iha mikrobioma PPA. Baktéria sira utiliza dalan FASIIko:K00647 (fabB) hodi produz ásidu gordura sira, ne'ebé bele influensia dalan metabóliku uma-na'in nian (Yao no Rock, 2015; Johnson et al., 2020), no mudansa sira iha metabolismo lípidu nian bele iha papél iha neurodezenvolvimentu (Yu et al., 2020). Dalan seluk ne'ebé hatudu aumentu abundánsia iha amostra PPA maka biosinteze hormona esteroide (ko:K12343). Iha evidénsia ne'ebé aumenta katak iha relasaun inversa entre abilidade mikrobiota intestinál nian atu influensia nível ormonál sira no atu hetan influensia hosi ormonál sira, nune'e nível esteroide sira ne'ebé aas bele iha konsekuénsia saúde nian (Tetel et al., 2018).
Estudu ida-ne'e la'ós lahó limitasaun no konsiderasaun sira. Distinsaun importante ida maka ami la halo avaliasaun fiziolójiku sira ba animál sira. Tanba ne'e, la posivel atu konklui diretamente se mudansa sira iha mikrobioma asosiadu ho moras ruma. Konsiderasaun seluk maka rate sira iha estudu ida-ne'e hetan hahán hanesan ho sira nia inan. Estudu sira iha futuru bele determina se muda hosi dieta ida ne'ebé riku ho PPA ba dieta ida ne'ebé laiha PPA hadi'a nia efeitu sira iha mikrobioma. Limitasaun ida husi ami nia estudu, hanesan sira seluk, maka tamañu amostra ne'ebé limitadu. Maski bele foti konkluzaun válidu sira, tamañu amostra ne'ebé boot liu sei fornese kbiit estatístiku ne'ebé boot liu bainhira analiza rezultadu sira. Ami mós kuidadu atu foti konkluzaun sira kona-ba asosiasaun entre mudansa sira iha mikrobioma intestinál no moras ruma (Yap et al., 2021). Fatór konfuzaun sira inklui idade, jéneru, no dieta bele influensia maka'as kompozisaun mikro-organizmu sira-nian. Fatór sira-ne'e bele esplika inkonsisténsia sira ne'ebé observa iha literatura kona-ba asosiasaun hosi mikrobioma intestinál ho moras kompleksu sira (Johnson et al., 2019; Lagod no Naser, 2023). Porezemplu, membru sira hosi jéneru Bacteroidetes hatudu katak aumenta ka tun iha animál no ema ho ASD (Angelis et al., 2013; Kushak et al., 2017). Nune'e mós, estudu sira kona-ba kompozisaun intestinál iha pasiente sira ho moras inflamatóriu intestinál hetan aumentu no diminuisaun iha taxa hanesan (Walters et al., 2014; Forbes et al., 2018; Upadhyay et al., 2023). Atu limita impaktu hosi prejuizu jéneru nian, ami koko atu asegura reprezentasaun hanesan hosi seksu sira atu nune'e diferensa sira provavelmente tanba dieta. Dezafiu ida hosi anotasaun funsionál maka hasai sekuénsia jéniku redundante sira. Ami nia métodu agrupamentu jéniku presiza identidade sekuénsia 95% no semellansa komprimentu 85%, no mós kobertura aliñamentu 90% atu halakon agrupamentu falsu. Maibé, iha kazu balu, ami observa COG sira ho anotasaun hanesan (ezemplu, MUT) (Fig. 6). Presiza estudu sira seluk atu determina se ortólogu sira-ne'e distintu, asosiadu ho jéneru espesífiku, ka se ida-ne'e maka limitasaun ida hosi aprosimasaun agrupamentu jéniku nian. Limitasaun seluk hosi anotasaun funsionál maka potensiál klasifikasaun sala; jéniku baktéria mmdA maka enzima koñesidu ne'ebé envolve iha sínteze propionatu, maibé KEGG la asosia ho dalan metabóliku propionatu. Iha kontraste, ortólogo scpB no mmcD iha relasaun. Númeru boot hosi jéniku sira lahó knockout dezignadu bele rezulta iha inkapasidade atu identifika jéniku sira ne'ebé relasiona ho PPA bainhira avalia abundánsia jéniku nian. Estudu sira iha futuru sei hetan benefísiu hosi análize metatranskriptoma, ne'ebé bele fornese komprensaun kle'an liu kona-ba karakterístika funsionál sira hosi mikrobiota intestinál no liga espresaun jéniku ba efeitu potensiál sira iha kraik. Ba estudu sira ne'ebé envolve moras espesífiku neurodezenvolvimentu nian ka moras inflamatóriu intestinál nian, presiza avaliasaun fiziolójiku no komportamentál sira hosi animál sira hodi liga mudansa sira iha kompozisaun mikrobioma nian ba moras sira-ne'e. Estudu adisionál sira ne'ebé transplanta mikrobioma intestinál ba rate sira ne'ebé laiha mikrobiu sei sai mós útil atu determina se mikrobioma maka motor ka karakterístika moras nian.
Iha sumáriu, ami hatudu katak PPA dieta nian atua hanesan fatór ida hodi altera kompozisaun mikrobiota intestinál nian. PPA maka konservadór ida ne'ebé aprova hosi FDA ne'ebé hetan barak iha ai-han oioin ne'ebé, bainhira hetan espozisaun ba tempu naruk, bele hamosu disrupsaun ba flora intestinál normál. Ami hetan mudansa sira iha abundánsia hosi baktéria oioin, sujere katak PPA bele influensia kompozisaun hosi mikrobiota intestinál. Mudansa sira iha mikrobiota bele hamosu mudansa sira iha nível sira hosi dalan metabóliku balu, ne'ebé bele hamosu mudansa fiziolójiku sira ne'ebé relevante ba saúde uma-na'in nian. Presiza estudu sira seluk atu determina se efeitu sira hosi PPA dieta nian iha kompozisaun mikrobiál bele hamosu disbioze ka moras sira seluk. Estudu ida-ne'e tau fundasaun ba estudu sira iha futuru kona-ba oinsá efeitu sira PPA nian iha kompozisaun intestinál bele fó impaktu ba ema nia saúde.
Konjuntu dadus sira ne'ebé aprezenta iha estudu ida-ne'e disponivel iha repozitóriu online sira. Naran repozitóriu no númeru asesu maka: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431.
Estudu animál ida-ne'e hetan aprovasaun hosi Komité Kuidadu no Uzu Animál Institusionál Universidade Sentrál Florida nian (UCF-IACUC) (Númeru Lisensa Uzu Animál nian: PROTO202000002). Estudu ida-ne'e kumpre ho lei lokál sira, regulamentu sira, no ezijénsia institusionál sira.
NG: Konseptualizasaun, Kurasaun dadus, Análize formál, Investigasaun, Metodolojia, Software, Vizualizasaun, Hakerek (esbosu orijinál), Hakerek (revizaun & edita). LA: Konseptualizasaun, Kurasaun dadus, Metodolojia, Rekursu sira, Hakerek (revizaun & edita). SH: Análize formál, Software, Hakerek (revizaun & edita). SA: Investigasaun, Hakerek (revizaun & edita). Juis Xefe: Investigasaun, Hakerek (revizaun & edita). SN: Konseitualizasaun, Administrasaun projetu, Rekursu, Supervizaun, Hakerek (revizaun & edita). TA: Konseitualizasaun, Administrasaun projetu, Supervizaun, Hakerek (revizaun & edita).
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Materiál suplementár ba artigu ida-ne'e bele hetan online: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/frmbi.2024.1451735/full#supplementary-material
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Oras publikasaun nian: 18-Abril-2025